为了应对日益复杂的恐怖行动,日本警方成立了“第三S”——警察厅特别紧急搜查队,独立于特别紧急部队和特别搜查队。NPS以逮捕嫌疑人为立足点,同时最大限度地平息骚乱和确保嫌疑人的安全。人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。