在10年后东牧城爆发的“圣杯之战”中,由于被称为“圣杯战争”之一的关东家首领关东脏砚的参与,这场战争变得更加变形、扭曲和恶化。作为参与战斗的宫主,卫宫侍郎也受伤了,失去了英雄Saber。然而,为了保护小樱,侍郎并没有退出战斗。而为四郎的身体感到担忧的小樱,也逃不过魔术师自己的命运
女高中生织部睦美等人在休学旅行中遭遇空难,漂到了一座孤岛上,而这座岛上,居然有着各种巨大的昆虫!还只是一群高中生的他们,能从这座地狱般的岛上逃出生天吗?
人类为了解开「兰道夫症候群」的原因、获得异形的DNA情报以及丰富的地下资源,人们纷纷前往深渊之中。