全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。
美波（高木美佑 配音）是一名高中一年级的女生，最近，她对高尔夫球运动突然产生了浓厚的兴趣，只是，美波接触高尔夫球时间并不长，所以完全是一个懵懵懂懂的状态。此时，美波结识了同校高三的遥（天海由梨奈 配音）和彩花（后藤彩佐 配音）。
为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
