在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
久住直树（绿川光 配音）是一个拥有着灰暗过去的男孩，五年前，一场可怕的意外夺走了他的双亲令他成为孤儿，同时也带走了他的记忆。一天，直树在偶然之中看到了一位美丽的天使少女从天而降，哪知道第二天，这个天使以转校生的身份成为了直树的同学，她的名字叫做天崎美琴（草柳顺子 配音）。 在直树就读的莲美台学园，有着许多可爱的女孩。温柔贤惠的保健委员藤枝保奈美（神田理江 配音）、总是用无尽的耐心包容着一切的橘千寻（一美 配音）、性格活泼开朗的御宅美少女涉横茉理（梶田夕贵 配音），在这些女孩们的帮助下，直树能否渡过难关并且找回属于自己的记忆呢？
