2071年万圣节前夕，火星上的大城市突然发生了令人震惊的犯罪事件。一辆油罐车在高速公路上爆炸。事故现场的人们因不明原因生病，造成400多人死亡和受伤。如此大规模的杀戮似乎是由来历不明的生物武器实施的。
故事发生在《哥斯拉2：怪物之王》中，哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦，并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁，她开始了一场全球冒险，以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。
谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
