值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
个性开朗但身世神秘的桐山直（安济知佳 配音）、温文尔雅对一切都考虑的十分周到的绿川香枝（小松未可子 配音）、 阿直的妹妹，拥有着美丽外貌和意外成熟的性格的桐山真（内田真礼 配音），每天下班之后，这些可爱的女孩子们便会聚在一起，拿出她们各自亲睐的美酒，合着小菜佳肴，相互打趣吐槽，舒展劳累了一天的压力。作为对酒品尚处于懵懂的摸索阶段的小满也加入其中。
在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？
