公元2010年。全球规模的“超级飓风”使世界各国遭受了巨大的损失。已经膨胀到80亿的人口一下子减少了50亿,变成了30亿。经济和军事的均衡随之崩溃了。 北美、俄罗斯、北欧被冰雪覆盖,平原地区沉入大海,世界地图突变,混沌时代来临了。
战国时代──以恐怖来统治天下最凶最恶的武将“牙鬼幻月”。由“伊贺崎家”率领的一群忍者,经过激烈的战斗,打倒了“牙鬼幻月”。 但“牙鬼幻月”却留下了不详的预言… “444年后,我将变成妖怪复活再次以恐怖支配天下!”时光流逝—— 终结忍者“伊贺崎好天”跟复活的妖怪“牙鬼幻月”决斗,并成功将它封印。时光再次流逝到了现代──“牙鬼幻月”的封印被解除, “牙鬼幻月”的怨念生出了一批妖怪,这些妖怪们组成“牙鬼军团”, 为了让“牙鬼幻月”完全复活,妖怪们到处搜集人们的恐惧心,开始向人们展开袭击!紧急时刻,出现了5个年轻人。 他们正是伊贺崎家的末裔,也就是终结忍者・伊贺崎好天的孙子们!“当忍则忍,可不忍则不忍!” 三代同堂,用火热的“忍者心”(Nintality)以及各种异想天开的忍术来漂亮的击退妖怪!为了继承祖父的“终结忍者”这个封号,也为了阻止妖怪军团让“牙鬼幻月”复活, 他们不仅不忍,还要大肆反击!
肩负着守护社区的命运,警察特别机构ALCA在其指挥下,年轻的定理制定者被迫与具有特殊能力的异国女神联合起来,然后投入战场。