一天,一个名叫“多罗罗”的年轻小偷遇到了一个人。那是鬼还是人——一个双臂佩剑、全身涂满人造“百鬼丸”的人,他迟钝的瞳孔紧紧盯着即将到来的恶魔。
所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。
数千年后的未来,进入宇宙空间的人类,被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年,以无边无际的广袤银河为舞台,重复着无止境的战斗。