教立大学社会学系四年级学生山本秋平（本木雅弘饰）即将毕业，却被毕业论文指导教授兼大学相扑部顾问的穴山（柄本明饰）找去，说他旷课太多不能给予学分，除非他愿意加入大学相扑部。
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
牡丹有一个好朋友叫小任（侯腾麻衣配音），两人关系十分亲密。小任的性格与牡丹完全相反，是一个厚而自然的傻子。就是这样，他们两个就阴差阳错地获得了入学资格。在学校里，他们遇到了一个陌生的女孩，名叫小翁（石破蓝裕美配音）。小翁头上戴着一枚神秘的天使戒指，小翁制作的被称为“天使蛋”的甜点彻底改变了两个女孩的命运。
