为了保护国家不受东京湾出现的未知事物的影响，年轻女孩们在东京、神奈川和千叶的各个防御城市作战。东京由Akira Corporation领导，神奈川由Orange Company领导，千叶由Ferry领导，创造了一个“QUALIDEA”的世界。在几十年前的“未知”入侵中，被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们终于从睡梦中醒来，他们获得了一种新的力量，“世界”，其中的铃鹿泉和宇多良金丝雀也在其中。来自各个城市的代表聚集在一起，在三个城市的定期会议之后，墨西哥湾沿岸的Aqua Line南部水域证实了大规模的未知反应。东京、神奈川和千叶防卫城立即发动进攻。公主在消灭Unknown时意外摧毁了重要设施，修复水线的任务落到了各个城市的代表身上。朱雀等人用自己的努力加快了修复进度。就在水线被修复的时候，一项新的任务出现了。年轻人的世界可以扫描他人的视觉、听觉和主观印象，然后再回放。朱雀等人从目击者的角度看到了未知生物在海里的疑似存在，搜索任务随即开始。在Aqua line海萤火虫前方的海域，看到了一个未知的超巨型，这是一个比之前最大的Terry类更大的新模型。管理层暂时将这种新模式称为利维坦班，明天早上日出时，三所学校将一起作战，这是一场与以前完全不同的战斗。为了证明他们的朱雀提前赶到现场，金丝雀发现后也赶来支援，但敌人这次的能力完全超出了他们的想象。金丝雀的受伤让朱雀感到非常内疚和自责。来自所有三所学校的代表聚集在一起，开始攻击利维坦级别的未知事物。然而，即使公主的全力出击也丝毫无损。恢复原状的朱雀立即组织人员发动反击，来自全国各地的战斗人员积极加入战斗。从医院醒来的金丝雀得知，战斗结束后，每个人都决心去战场，她的歌声激励了所有人。
春季病综合征——这是一种令人难以置信的现象，只发生在敏感和不稳定的青春期。例如，出现在片川佐田面前的野兔子女孩。她的真实身份是Sakurajima Mayi，一名高中四年级的女演员，已经停止了名人活动。
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。
