新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
在新私立女子学校五郎馆学院的背后,隐藏着不为人知的一面——因时空扭曲而出现的神秘恶魔“奥布里”。唯一能够对抗这些人类敌人的女孩是拥有探索第五维度空间能力的“Striker”女孩。