从被吞噬中逃生的天空之树被竖立起来了。人们在奇怪的景象前假装——还有一些东西从黑点内部靠近。在无法到达的绝望中,人们从被称为“敌人x的数不胜数”的黑点来到宙斯。
高中时期,因被排挤造成性格独来独往的义雄,和从事室内设计工作的爸爸广司,以及在公司担任经理、进而与广司交往的由美同住。某日,由美的朋友和美来到家中,撞见几天未梳洗满身臭味的义雄,心疼义雄的和美帮他洗了澡,甚至还帮他按摩,忍不住慾火的和美也脱下了衣服……然而,与和美发生关係后产生信心的义雄,却开始向继母由美提出许多奇怪的要求……
为了报答自己的罪过,挽回失去的一切,兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后,一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。