由于社会上发生了一系列奇怪的事件，如成员自杀、短片中出现恐怖面孔，以及在即将到来的聚会上收到恐吓信，许多成员感到后悔。然而，其他人的麻烦是侦探们的乐趣，明智而持久的参与联合停留的尝试无法说服总统。当陷入困境时，神秘的美女侦探Kenazaki Biluko（滨比美博饰演）似乎挣脱了束缚，提出“不要问她的目的”和“她一起参与”作为条件，让智慧和叶村融入其中。
故事发生在2061年，当时的自然破坏使地球的环境变得非常糟糕。气温突然下降，大地结冰了。在意大利托斯卡纳，有三个姐妹，伽利略的后代。叶月（甄堂贵配音）性格大胆直率，有一颗无忧无虑的心，梦想成为一名检察官。
左翔太郎（桐山漣 饰）和飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）则化身假面骑士阿克塞尔，与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂（杉本彩 饰）的协助下，正义战士们击退了入侵者，却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知，国际重犯大道克己（松岡充 饰）及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体，他们更阴谋占领风都。 一场激烈的正邪战争即将展开……
