新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
正在上小学三年级的樱桃小丸子(Tarako 配音),因班长丸尾末夫(飞田展男 配音)提出了抽签换座位的要求,抽到了她不喜欢的调皮同学大野健一(山口胜平 配音)跟彬山聪(真山亚子 配音)同桌。而且和最好的同学小玉(渡辺菜生子 配音)分了桌。
由于无法忍受母亲急于偿还沉迷于赌博的父亲的债务,这位潜在的候选人提议通过经营民宿来收取租金,并介绍了准备在东京工作的大四学生Ahe在家帮忙。然而,当Ahe看着他朋友的母亲在债务问题上挣扎时,他的同情心逐渐转化为强烈的爱??