一次偶然中，又兵卫结识了名叫真一（武井证 饰）的少年，让又兵卫感到吃惊的是，真一告诉他自己来自未来。受廉姬所托，又兵卫成为了真一的监护人，而春姬即将与大国大名大仓井高虎（大泽隆夫 饰）政治联姻。 镜头转回现代，真一的失踪让身为父母的晓（简井道隆 饰）和美佐子（夏川结衣 饰）十分焦急，追寻着真一留下的线索，晓和美佐子也穿越回了古代，在那里，他们找到了真一，一家三口成为了春日城的座上客。
大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
在明治时期，曾经是“刽子手拔剑室”的费村建信（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的平静生活。没想到，就在这一天，他在战争失败期间的老朋友，被称为改革三杰之一的大久保利通（宫泽和茂饰）邀请了他。
