歌が大好きな二ノは、幼い頃2つの別れを経験する。 1つは初恋の相手・モモ。もう1つは曲作りをする少年・ユズ。 いつの日か二ノの歌声を見つけ出す… 2人と交わした約束を信じてうたい続けてきた二ノ。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
银河帝国贵族社会的腐败和自由星球联盟缺陷的集团政治,可以称之为民主,侵蚀了两国。之后,在8世纪末的万国历中,两位天才的出现推动了历史的发展。“获胜天才”莱因哈特·冯·罗扬克拉姆和被称为“不败魔术师”的杨伟力。两人率领帝国军队和盟军进行了一场未知的冲突。