主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
在冲绳合宿中，在由于朝阳的云隙光而达到了最高氛围值的桥上，雪村和冰室进行了理论值最高的亲吻，但由于采集的唾液量并不充足，于是决定再次测量。为拜访唾液检测的专家，一行人动身前往理工部生命科学学院。
街にはこのグループに対抗して中年いざこざを起こす“西部会”があり、主導権を争っていた。ある日、白馬にのった美女がタキたちの前に現れた。各地に数十万の信者をもつ正教学会の幹部・藤森信介の2号のアサ子(范文雀)で、タキに近づいたのは何か魂胆があってのことだった。そんな頃グループの一人であるデボは毎夜のごとく、高校の校庭を掘り起こしていた。この校庭には以前、戦争で使用した軽機関銃と拳銃がどこかに埋められているとのことだった。グループの皆からバカにされながらも掘り続けていたのだが・・・。
