頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！ 「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！
彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。
