就这样，盖亚斯转世到了一个遥远的未来世界，并获得了马蒂亚斯这个名字（由玉城仁才配音）。他怎么会知道他引以为傲的魔法徽章在这个世界上被称为“十字图案”？在这个魔力已经衰退的世界里，马蒂亚斯能获得他的欲望吗？性格谨慎且非常有礼貌的露丽（宫凌代纱配音）、与露丽形影不离的阿尔玛（白石清香配音）、外表可爱却经常惹大麻烦的Iris（井上实治配音）。在这个世界上，马蒂亚斯逐渐结交了一群值得信赖的朋友。
正晨还告诉他，池袋有一个奇妙的组织体系，尸体是未知的，只知道这个街头暴力组织被称为“Dollars”。然而，在去北京的第一天，这位因大臣的话而感到不安的皇帝亲眼目睹了“无头骑士”骑着黑色摩托车穿过街道的城市传说
Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
