《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容,于2006年10月2日至12月18日在日本播出。传奇海盗Gol D.Roger在去世前留下了关于他一生财富“海贼王”的消息,这导致了众多海盗的崛起,他们争夺这一传奇的巨额财富。各种力量和政权不断交替,整个世界进入了动荡和混乱“海盗时代。