“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
面对这个同龄人,苏野表现出了热情,但光海非常以自我为中心,很难相处。夏天,同学们会一起去海滩游泳。海边有一条捷径,但村民们一直认为这条捷径是一个神奇的地方,但小泽坚持走捷径。在那里,一场意外发生了,苏烨陷入了困境。幸运的是,小泽来帮忙了。Suye后来得知小泽是一位前邻居的孙子,并对他产生了好感。他们的关系引起了Suya的父亲的反对,他意外地发现了Suya父亲和小泽母亲之间的过去。两人沉浸在初恋的甜蜜中,一起度过了一个重要的假期,但毕业的日子还是到来了。
故事拉开了“kenmotsu asagao”(牵牛花)最后一年春天的帷幕,asagao前往东北寻找母亲的尸体,一个新的故事正在上演。她面临着东日本大地震和母亲的死亡,也面临着前作无法描绘的东日本大震灾以外的大规模灾难。