故事发生在东京的稻木坂学院。经济衰退、人口老龄化和其他社会问题使这所学校的招生成为一个挑战。由于找不到任何学生，学校不得不关闭，就在这时，九个年轻女孩站了起来。这些对学校有着深厚感情的女孩决定努力保护学校不被遗弃。
This movie starts with Saze X playing basketball. Suddenly, a lightning bolt hit the earth. They walked towards it and found a boy. The boy's name is Ricky, and he thinks he has forgotten everything. On the other hand, Remy told Sazer-X that a giant monster named Mechanical Giant Bulgario had approached Earth and was destroying buildings. Sazer X still defeated the monster. But then something flashed into their eyes, and Takuto mistook it for a cosmic capsule. In fact, this is the Bosquito people that exist within Bulgaria, which Professor Horiguchi later explained.
《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？ 剧场版动画《屠杀器官》根据早逝的天才科幻小说作家伊藤计划的同名小说改编，由富士电视台的noitaminA节目企划，manglobe制作，将于2015年10月上映。
