在此期间，两人经土木工程系北斗喜多副教授（小泽正一饰演）介绍前往极地环境研究中心参观，却意外目睹了一起精心策划的密室杀人事件。孟派无视西川教授的冷漠，热情地进行推理和调查，将自己置于极大的危险之中。最终，在西川教授的介入下，真相浮出水面。以此为契机，他们两位老师和学生相继卷入了各种密室谋杀案。他们将利用现场的线索找到真正的罪犯。。。这部电影改编自森本的小说。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
明治（智尊淳饰演）出生在一个宁静美丽的小村庄，所以她从小就向往这个繁华的大都市。长大后，明治加入了一家时尚公司，这可以说是实现了他的时尚梦想。表面上看，米姬是一个高大漂亮的女人，但实际上，米姬的生理性别是男性。是的，三木是一个“变性人”。
