故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界,武力的最高境界从使用利剑,转而到使用魔法,继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮,是个完全不会使用枪械,只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”,顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中,一场学园动作奇幻大作就此开始。
为了避免裁员激增,公司高层决定打开局面,将侵略的目标锁定在宇宙中。就这样,Fighter Six(由白井洋介配音)和Mizumi型仿生机器人Alice Moon(由福田洋助配音)被派往一个与地球环境相似的外星。谁知道这个星球上的人们正受到恶魔军队的骚扰和入侵。因此,六号战斗机自然而然地开始扮演一个勇敢的战士的角色,与当地居民合作对抗恶魔王军。