故事描述女主角小樱(木之本樱)与男朋友小狼(李小狼)和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了,一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了, 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下,小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
在未来的世界里,由于失去了他心爱的儿子,天才科学家天马博士(尼古拉斯·凯奇配音)创造了机器人阿童木(弗雷迪·海摩尔配音)来代替他的儿子并寻找安慰。尽管阿童木拥有博士生儿子的情感和记忆,但先进的程序仍在不断完善他的情感,让他感同身受。