为了保护数码世界和数码兽,四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界,造成了危险和混乱,启人和好友牧野留姬(折笠富美子 配音)、李健良(山口真弓 配音)一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此,朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽,追随着古乐兽的踪迹,启人一行人闯入了数码世界,展开了大冒险。
在风之街“风都”,左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后,神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。
故事发生在一个叫Glass Pu的海滨小镇,帝国大学物理学副教授Tomokawa Koji(福山康介饰演)在那里出差,住在一家名为“绿岩别墅”的酒店。在酒店里,汤川遇到了一个叫公平的男孩(山崎光饰演)。