少女折部安奈(赤崎千夏 配音)自称是索尼娅的朋友,但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性,安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间,安奈发现,虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手,但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量,这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时,索尼娅的杀手同事吴织亚切(高部爱 配音),毫无存在感的不知名少女(钉宫理惠 配音)也来到了安奈的身边,杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
但曾担任联合舰队上尉的哈洛克(Kokuri Seon配音)背叛了盖亚的制裁措施,并驾驶他的阿尔卡迪亚,升起了反政府军的旗帜,成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola(森川清治配音)指示他的弟弟Yama(三浦春马配音)潜入阿尔卡迪亚号,探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间,哈洛克带领他的船员接近地球,而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国,久违的真相,震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
此时,皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕,并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪,新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战,将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助,怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念,以副长·土方岁三小姓的身份,与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起,准备共同迎来身为新撰组一员的命运,但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们,为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。