2029年3月某日,某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵,众多外国使节及其同侪眷属沦为人质,事态十万火急。草薙素子(坂本真绫 配音)召集巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等得力属下,并制定了周密的营救计划。
皿屋敷中学的不良少年浦饭幽助终日无所事事,或与青梅竹马雪村萤子吵架拌嘴,或拿死对头桑原和真出气。某日,逃课玩耍的幽助从车轮下救起一位小姑娘,自己则被汽车撞死。他的举动出乎灵界的预料,因此得到一个复活的机会。
稻叶搬进了一间名为守庄的公寓,他没有想到的是,这不是一间普通的公寓,而是一间怪物和人类混合在一起的怪物公寓。稻叶的房东是一个看起来像黑企鹅的怪物。克服了最初的恐惧,稻叶开始与怪物们生活在一起。随着时间的推移,稻叶发现这些长相奇怪的怪物实际上拥有一颗善良的心。他们的出现逐渐治愈了水稻叶子心中的伤疤。