第4回電撃ゲーム小説大賞を受賞した上遠野浩平による同名小説を基に、『なぞの転校生』の村井さだゆきが脚色。とある地方都市で、不可解な女子高生失踪事件が相次いでいた。そんなある日、深陽学園3年の啓司は、恋人で2年の藤花の奇妙な行動を目撃する。黒いマントを羽織り、別人のような顔で街を歩く彼女は、自分のことをブギーポップと呼び、学園に巣食う魔物を倒すために現れたのだと語った。そして数日後、その使命を果たしたブギーポップは、啓司の前から姿を消し、後にはいつもと変わらぬ藤花が戻っていた。それから2年後、浪人生の藤花は、街で高校時代同学年だった明雄に再会するが・・・。
与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
