夏目遇到了各种怪物和善良的人，建造了一个温暖的地方，同时也反复表达了保护重要事物的愿望。
神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
回到镰仓后不久，无辜的阿吉子被眼前经过的河童吓了一跳。起初，镰仓自古以来就是一个拥有强大恶魔光环的城市，怪物和鬼魂无所畏惧地出现；当地人并不感到惊讶，他们与其他人和平共处，尤其是和谐相处。开朗的秋子很快适应了这种新生活，接受了丈夫的怪癖，目睹了鬼魂和人类的纠缠，甚至接受了一个贫穷的上帝进入她的家。但正是这样一个善良的亚吉子被一个怪物伏击了。她失去了身体，以一种精神状态漂流到这个世界上，这相当于死亡，这是极其紧迫的
