一段深信“星星”存在的少年．鲁必奇与垃圾人．普佩，为了守护希望与梦想的冒险故事。父亲总是告诉鲁必奇，在与世隔绝、烟雾迷漫的烟囱小镇上空另一侧有著“星星的存在”，为了找出“真相”，鲁必奇与普佩展开一场大冒险。
为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
有着复杂家庭环境的男主人公夏目直树在三年前的一次飞机失事中幸存下来，并开始被自称守护者的青梅竹马水井野神所依靠，搬进了他哥哥夏目直木曾经住过的鬼屋。
