Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
但就在瓮棺墓光（木村文乃 饰）和宫泽宽治（佐藤二郎 饰）追了上来的时候，却突然发生了严重的地面塌陷。鬼火飞舞，黑水涌出，这时终于发现了尸体！「一定是他们三人唤醒了远古的诅咒！」村民为此大怒。被迷之黑衣军团追赶的他们，到底能不能找到杀人事件的犯人，并解开诅咒之谜呢？
由于不断扩大的“雪海”，大地几乎消失的异世界—— 人们在巨树“轨道树”的根部和从顶部延伸出来的“天膜”上勉强度日。 天膜的少年卡纳和地上的少女莉莉哈相遇的时候， 改变这个即将毁灭的世界的故事，开始了——
