宗武喜欢收集稀有矿物，有一天，他被卡恩、罗曼和奥特等同龄人引起的骚动所吸引，迷失在年深的地下湖中矿井。在那里，宗武遇到了一个不可思议的年轻女孩，她留着飘逸的蓝色头发，直视着她的红色瞳孔。她是谁？这次遭遇给宗武带来了什么？随后，建立的债券将打开冒险之门。
小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学，正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续，但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角！而景子竟然成为了直太家族的仆人，进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。
