从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
被热爱职业摔跤的父亲从小悉心培养长大的华园光（后藤邑子 配音）是个摔跤高手，她从没碰到过对手，直到泷岛彗（福山润 配音）的出现。为了打败彗，光说服父亲考进了白选馆学园高校，并进入了S•A班。
DCU是深度犯罪单位的缩写，他们的任务是解决案件，寻找隐藏在每一条水中的证据，例如“日本危险的河流和湖泊”，这些在传统的海上水域和警方调查中很难找到。“解开未解决的水下问题”是他们的使命。
