为了报答自己的罪过,挽回失去的一切,兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后,一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
在很久以后的未来,地面已经被污染到无法生存的程度,人类开始朝地底开发,并创造人工生命体代为劳动,没想到人工生命体反抗了人类接管了地底世界,而因为过度污染与新型态的病毒感染,原已所剩无几的人类又减损了近30%的人口,此时的人类以基因改造获得了长生,相对的也面对了自此失去生育能力的窘境,创造新生命成为人类世界复苏的关键。为了找寻失落的基因密码──“繁衍”,人类望向了曾经开发的地底世界开启了探索任务,同时因学生人数骤减而被舞蹈教室裁员的碰太,参加了地底任务的征选成为了被派往地底的英雄,只身前往充满未知恐惧的地底世界,惊人的地底探险就此开始……
而在两个组织的干部口中,提及着神秘的“大机器计划”…… 为了搞清楚这场战争的来龙去脉,假面骑士Fourze和Go-Busters乘坐Den-Liner回到过去……