园涛（安宅宇翔里配音）是一名高二学生。原本平凡的她，凭着自己的特殊能力，在一次偶然的机会下加入了月影。在那里，她遇到了性格严肃严谨的人，如半藏门雪（村上爱美配音）、积极向上的水木（藤田赛配音）和叛逆古怪的小吉8000 Daimyo（Shozaki Ayao配音）。
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
然而，在更换顾问后，器乐部门逐渐陷入了冷清。现在，音乐老师Takashi Takashi（由Takahiro Sakurai配音）作为一名新的顾问，承担了一个新的角色。他对振兴器乐部门和进入全国代表大会充满信心。在乐观开朗的川岛绿惠（Toyota Moei配音）、理性冷静的高坂莉娜（Anji Zhija配音）和姐姐田中明（寿美菜子配音）的陪伴和指导下，久美子幸福的高中生活开始了。
