Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
故事紧接着上一部展开。菊川玲二（生田斗真 饰）接受了上级布置的新任务——接近并取得黑社会头目轰周宝（岩城滉一 饰）的信任，找到后者犯罪的证据。
经人介绍，汤音认识了法国少年克劳德（近藤隆 配音），并进入了他和爷爷奥斯卡（田中秀幸 配音）一同经营的“国王的长廊”铁艺店工作。 起初，汤音并不是太能适应在异国的生活，在认识了异常热衷于日本文化的大小姐爱丽丝（悠木碧 配音）后，对客人和朋友渐渐熟悉的汤音开始领悟到法国独特的风土人情。同时，在生活喝学习的过程中，汤音和克劳德结下了坚实的友谊，成为了彼此非常重要的存在。
