孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。 女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。 清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。
1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
Ikashi Shinji，成为“第三次冲击”的罪魁祸首，变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗？继2012年《福音勇士》新剧场版：Q之后，这部动画告诉了这个密封故事的续集。
