一支先遣队奉命出发，寻找适合居住的星球。所有星舰成员都是以生物 3D 打印的方式一一制造，没想到过程中机器意外故障，导致其中一位成员路易变成畸形。随着路易接连攻击同僚妮娜、麦克、帕蒂和奥斯卡，星舰也陷入黑暗骇人的境地，任务结束的倒数计时正式开始。
为了书可以去做巫女！ 「比起一日三餐更喜欢书」的女大学生·本须丽乃转生成为士兵的女儿·梅茵的那个世界中，并没有书。 平民的识字率低下，羊皮纸做出来的书十分昂贵，是贵族老爷专属的东西。 于是梅茵做了一个决定。
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
