由于童年的悲惨遭遇,直枝理树(堀江由衣 配音)的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸,沉默寡言,没有朋友,这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日,性格傲娇爱猫如命的枣铃(民安智惠 配音),正直开朗稳重可靠的枣恭介(绿川光 配音),四肢发达头脑简单的井之原真人(神奈延年 配音),成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾(织田优成 配音)四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”,想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样,理树成为了LB中的一份子,整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中,本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来,理树也逐渐敞开了紧闭的心门,找回了久违的快乐。他开始明白,只要有一颗开朗向上的心,这样的生活一定能够继续下去直到永远。
在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里,伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝,在持续追寻着“黑兔”的踪影,另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上,一场幻想动作剧即将上演。