很远，很远，时间和空间的另一面。宇宙中有一群自称为“金族”的人。他们创造了星团和预测未来的能力，已经向其他不成熟的种族发出呼吁：“让我们起航！从他们的母星，到宇宙。三个种族响应了他们的号召。金族称他们为银族、青铜族和英雄族。
黑帮小喽罗备后登（妻夫木聪 饰）与老大天盐幸之助（西田敏行 饰）的女人高千穗玛丽（深津惠里 饰）有染，惹来杀身之祸。为保性命，备后不得不接受寻找传奇杀手富坚的任务。
由于长距离子空间导航造成的时间和空间扭曲，导致人类返回的地方在20000年后变成了“地球””。在这个地球上，主人公庆南等人在被哥斯拉攻击的同时，与埃切弗族和比尔沙尔德族的外星人一起，实施了20年的“对抗哥斯拉的战术”，并通过一场致命的战斗成功击败了哥斯拉。但喜悦并没有持续太久。真正的哥斯拉“哥斯拉地球“隐藏在地下深处的东西出现了。在长达2万年的持续生长和生存过程中，青南和其他人在哥斯拉压倒性的破坏力面前分崩离析，哥斯拉进化成了这种姿态。拯救青南的人被认为是人类的残余，即米亚纳的富图阿人。富图阿是他们在地球上遇到的第一个人类。他们会是人类的后代吗。“福图亚之神也被哥斯拉打败了，现在只剩下鸡蛋了。挑战者和抗议者都被火焰吞噬了，消失了。”面对他们，庆南回答说，“这是用人手夺回地球的最后机会。”，注意到Fortuya使用的箭头是由“对金属体和纳米的自律思考”制成的，他很高兴。这是由与“机械哥斯拉”相同的材料组成的，他们在21世纪在富士山脚下开发了“对抗哥斯拉的决定性武器”，并在启动前被摧毁。这恰恰证明了当时的开发设备在今天仍然存在。
