季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
稻叶义史(由阿部敦配音)是一名刚被东条英机商学院录取的一年级男生。由于童年的不幸经历,稻叶一直与亲戚寄宿,过着在别人庇护下生活的生活。现在,已经被寄宿高中录取的稻叶对未来的自由生活充满了渴望。