游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
関わるまいとする涼だが、玲とチームを組むことになってしまい――
一场大火烧毁了初中生南云隆（山田美玲配音）赖以生存的公寓。此外，父亲不见踪影，一贫如洗的南云在茫茫城市中漫无目的地游荡，最终昏倒在街头。幸运的是，南云得到了一名女大学生和志敏儿（高桥智秋配音）的帮助。
