福冈县朝仓市的当地出版商Mizusue yoshise是一名所谓的“联络员”，将作品送到工作和充实的一天。但那并不是她真正的样子。人群中又黑又弱。在家里画漫画是“宅男女人”的一种爱好。有些人只理解她。
某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
Saint非常喜欢植物。带着这份爱，Saint隐瞒了自己的身份，来到了药用植物研究所工作。在这里，他遇到了善良的导演约翰（江口拓配音）和导师裘德（第八代拓配音）。在他们的帮助下，Saint的工作逐渐步入正轨。受圣母在圣体中的力量影响，圣地生产的所有药剂都有50%的收益，这逐渐奠定了圣灵的声誉，并在当地获得了信任。
