即便如此，元子仍然与愚公有着身体上的关系，并且怀上了愚公的孩子。十个月后，花园变成了母亲。后来，工作的变化导致愚公一家住在京都。在一次偶然的相遇中，圆子遇到了愚公的老板Yoshichi（安藤正宏饰演）。在他们一对一的互动中，袁梓被优雅温柔的岳志所吸引，岳志也在袁梓身上发现了孤独感。最终，两人越过了伦理和道德的界限。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
具有强烈正义感的新检察官冈野清一郎（宫城宏饰演）非常钦佩他的导师木村拓哉（木村拓也饰演）。经过多年的经验积累，冈野最终被调到东京地方检察厅刑事警察厅，成为他手下的得力将军。
