故事发生在一个虚构的世界中，人类受到兽人的支配，过着忍辱负重苟且偷生的日子。奇利艾（宫野真守 配音）是一个平凡的少年，某日，他看到了关于“世界毁灭委员会”的通缉令，没想到，本以为这一切和自己毫无关系的他竟然被卷入了一场充满了刺激与惊险的旅途之中。 莫璐特（坂本真绫 配音）正是“世界毁灭委员会”中的一员，拥有着能够毁灭世界的强大力量，命运让他和奇利艾相遇了，两人踏上了充满惊险和刺激的奇异旅程。托比（古谷彻 配音）是熊族兽人，机缘巧合之下亦加入了莫璐特和奇利艾的队伍中去，一路上，他们遇见了各种各样千奇百怪的旅人们，为这段本就不平凡的旅程增添了光彩。
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
