在同一家公司工作的何楠(川端博美饰演)和亚吉(川端长泽饰演)彼此都很喜欢对方,但由于性格内向,他们从不说话。在一次咖啡店的约会中,经过一番探索,两人终于建立了浪漫的关系。然而,这段恋情才刚刚开始,一场可怕的噩梦随之而来。
某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。
女高中生相泽智对自己的青梅竹马久保田淳一郎说出“我喜欢你!”的表白,对方却以为是“挚友”的宣言,“充满男子气概”的女孩子想被喜欢的人“当成女生”看待,结果总是加深两人的男子友情,环绕两人的恋爱喜剧。