全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。
当附虫者们为了完成自己的梦想而使用超能力时，便会在社会中制造出许多怪异的景象，引起市民的恐慌。 为了应对附虫者的存在，政府设立了名为“特别保护环境事务局”的机构，该机构负责监视附虫者，以及消灭虫，而身上的虫被消灭后，附虫者则会变为“缺陷者”。讽刺的是，在机构中供职的人们，他们本身亦是附虫者。在不断地和虫战斗的过程中，他们也在一步一步地接近他们的梦想。
在一个群山环抱、蓝天碧水的角落，一座寄宿室学校坐落于此。那天初夏，少年悠（宮島依里 饰）跳湖自杀。他的死似乎并未激起太多波澜，大多数人很快忘记这起事件，暑假一到，他们陆续返回家中。空空荡荡的校园里只有一个宿舍还闪着灯光。
