新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
武里美姬(由宫泽隼配音)是一个诚实内向的女孩,性格非常内向。因为他不喜欢说话,生活中也交不到很多朋友,他认为这孤独的一天会一直陪伴她直到毕业。直到有一天,在一次偶然的机会中,明治遇到了一个叫古谷拓也的女孩(由高野马利卡配音)。