与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
虽然完全没有自觉，但是伊御时常会做出一些让摘希无法承受的刺激举动。 围绕着这一对友达以上恋人未满的笨蛋情侣的，是一群有趣又善良的朋友们。天然呆的春野姬（福原香织 配音）总是被爱捉弄人的科学怪人片濑真宵（生天目仁美 配音）耍得团团转；而有着僵硬症的戌井榊（浅沼晋太郎 配音）又总是在笑料达到高潮的时刻浑身僵直不能动弹。这群可爱的朋友们，围绕着他们而展开的日常就是这部动画所要表达的主要内容。
